Depuis août 2026, MyHeritage permet aux hommes éligibles d’obtenir leur haplogroupe du chromosome Y à partir des données ADN déjà présentes dans leur compte. Mais en comparant les résultats entre membres d’une même famille ou entre cousins supposés appartenir à la même lignée paternelle, une surprise peut apparaître : les haplogroupes affichés ne sont pas toujours identiques. Cela ne signifie pas nécessairement que les résultats sont contradictoires. La précision obtenue dépend avant tout des données du chromosome Y disponibles dans le fichier analysé.

MyHeritage utilise les données ADN déjà disponibles

Comme je l’ai expliqué dans mon précédent article consacré à la nouvelle fonctionnalité Y-DNA de MyHeritage, le laboratoire ne réalise pas une nouvelle analyse biologique lorsque vous demandez le calcul de votre haplogroupe.

MyHeritage exploite les marqueurs du chromosome Y déjà présents dans les données ADN associées au kit. Grâce à une technologie sous licence de FamilyTreeDNA, ces marqueurs sont comparés à l’arbre phylogénétique mondial du chromosome Y afin de déterminer la branche dans laquelle le testé peut être placé.

C’est un point essentiel pour comprendre les différences entre utilisateurs : MyHeritage ne dispose pas nécessairement des mêmes marqueurs Y pour tous les kits.

La plateforme précise d’ailleurs que, dans de rares cas, aucun résultat Y-DNA ne peut être généré, notamment lorsqu’un fichier importé depuis un autre laboratoire ne contient pas suffisamment de données sur le chromosome Y. Cette limitation est indiquée dans les conditions d’accès aux résultats Y-DNA de MyHeritage.

Tous les tests ADN ne recherchent pas les mêmes SNP’s du chromosome Y

Les tests ADN autosomiques classiques ne séquençaient pas l’ensemble du génome. Ils utilisaient des puces sélectionnant plusieurs centaines de milliers de positions précises, appelées SNP’s.

Parmi elles pouvaient figurer un certain nombre de SNP’s situés sur le chromosome Y. Mais leur nombre et surtout leur emplacement variaient selon les laboratoires.

FamilyTreeDNA le confirme très clairement dans sa documentation sur les haplogroupes obtenus à partir du test autosomal Family Finder : la sélection des SNP’s du chromosome Y a changé au fil des générations de puces et varie également d’une société de tests ADN à l’autre.

Autrement dit, un test réalisé chez MyHeritage, 23andMe, AncestryDNA ou FamilyTreeDNA n’a pas nécessairement observé les mêmes positions du chromosome Y.

La génération du test peut également jouer. Une entreprise peut modifier la puce utilisée au fil des années. Deux personnes testées chez le même laboratoire mais à plusieurs années d’intervalle peuvent donc disposer de fichiers contenant des ensembles de SNP’s différents.

Enfin, un marqueur prévu sur une puce peut parfois ne pas produire de résultat exploitable. C’est ce que l’on appelle un « no call ». Là encore, cela peut empêcher de descendre plus loin dans l’arbre du chromosome Y.

FamilyTreeDNA indique ainsi explicitement que les résultats d’haplogroupe peuvent varier entre deux testés, même lorsqu’ils appartiennent à la même lignée paternelle directe.

Les anciens fichiers importés constituent un cas particulier

Pendant plusieurs années, MyHeritage permettait d’importer gratuitement des fichiers ADN provenant notamment de 23andMe, AncestryDNA ou FamilyTreeDNA.

Cette possibilité a pris fin le 28 mai 2026 : MyHeritage indique désormais officiellement que les imports de fichiers ADN provenant d’autres laboratoires ne sont plus acceptés.

Mais de nombreux utilisateurs avaient importé leurs résultats auparavant. Ces anciens fichiers peuvent aujourd’hui être concernés par la nouvelle fonction Y-DNA lorsqu’ils contiennent suffisamment de données exploitables sur le chromosome Y.

Cela signifie qu’une même base MyHeritage peut réunir des hommes dont les données proviennent de technologies et de laboratoires différents.

L’un peut avoir été testé directement par MyHeritage, un autre chez 23andMe, un troisième chez AncestryDNA avant d’importer ses résultats. Le nombre et la nature des SNP Y disponibles pour déterminer leur haplogroupe peuvent donc être très différents.

Le passage de MyHeritage au séquençage du génome change aussi la situation

Il faut également tenir compte d’une évolution technologique majeure.

MyHeritage a abandonné ses anciennes puces ADN pour passer au séquençage du génome entier, ou WGS, grâce à la technologie d’Ultima Genomics. J’ai déjà expliqué en détail ce que change le passage de MyHeritage au séquençage du génome complet.

Avec les anciennes puces GSA, environ 700 000 positions génétiques étaient directement analysées. Le WGS produit une quantité de données beaucoup plus importante sur l’ensemble du génome.

Selon la documentation actuelle de MyHeritage, les nouveaux échantillons traités depuis janvier 2026 utilisent cette technologie. En revanche, les anciens kits analysés avec une puce ne sont pas automatiquement reséquencés. Pour disposer d’un fichier issu du WGS, il faut réaliser un nouveau test.

Il ne faut toutefois pas en déduire qu’un test MyHeritage réalisé en WGS donnera nécessairement un haplogroupe très précis. MyHeritage qualifie toujours le résultat fourni par sa nouvelle fonction Y-DNA de « broad-level haplogroup », c’est-à-dire un haplogroupe de niveau général.

Le WGS fournit beaucoup plus de données, mais le niveau de précision finalement affiché dépend également de la manière dont MyHeritage exploite ces données pour sa fonction Y-DNA.

Deux haplogroupes différents peuvent appartenir à la même lignée

C’est probablement le point le plus important à comprendre lorsque vous commencez à comparer vos résultats avec ceux de vos cousins.

L’arbre du chromosome Y fonctionne comme un véritable arbre généalogique. Une grande branche se divise en plusieurs branches, qui se divisent elles-mêmes en sous-branches de plus en plus récentes.

Prenons un exemple réel utilisé par FamilyTreeDNA : R-M269 et R-U106.

R-M269 est une branche ancienne et très importante du chromosome Y. R-U106 est une sous-branche de R-M269.

Un homme peut donc recevoir le résultat R-M269, tandis qu’un autre homme appartenant à la même lignée paternelle reçoit R-U106. Ces résultats ne sont pas incompatibles. Le second a simplement pu être placé plus loin dans l’arbre.

FamilyTreeDNA donne précisément cet exemple dans sa documentation : voir des haplogroupes différents au sein d’une même lignée n’est pas inhabituel lorsque l’un des résultats correspond à une sous-branche plus récente de l’autre.

On peut représenter le principe très simplement :

R-M269 → sous-branches → R-U106 → nouvelles sous-branches → branches encore plus récentes

Si le fichier du premier homme contient le SNP permettant d’identifier R-M269 mais pas ceux permettant de descendre plus loin, son résultat s’arrêtera à R-M269.

Si le fichier du second contient également le SNP U106, il pourra être placé sur R-U106.

Les deux hommes peuvent donc parfaitement partager la même lignée paternelle.

Un haplogroupe différent ne signifie donc pas immédiatement une incompatibilité

C’est particulièrement important dans une recherche d’ancêtre paternel inconnu.

Vous contactez un cousin MyHeritage susceptible d’appartenir à la même lignée masculine que vous. Il accepte de vous communiquer son haplogroupe, mais son haplogroupe n’est pas exactement le même que le vôtre.

La première réaction ne doit pas être de conclure que la piste est fausse.

Il faut d’abord vérifier où se situent les deux haplogroupes dans l’arbre du chromosome Y.

Si l’un est une branche ancestrale de l’autre, les résultats peuvent être parfaitement compatibles. Ils n’ont simplement pas le même niveau d’affinage de résultat.

En revanche, si les deux haplogroupes appartiennent à des branches différentes qui se sont séparées très anciennement, la situation est tout autre. Pour deux hommes censés appartenir à la même lignée paternelle directe, une véritable incompatibilité Y devient alors un élément important de l’enquête généalogique.

Comment vérifier si deux haplogroupes sont compatibles ?

Il ne faut donc pas comparer uniquement les caractères composant le nom de l’haplogroupe.

Un code plus long ou apparemment très différent n’indique pas à lui seul une autre origine paternelle. Il faut replacer les deux résultats dans l’arbre.

L’arbre du chromosome Y de FamilyTreeDNA permet de rechercher un haplogroupe et de visualiser ses branches ancestrales et descendantes.

Cette vérification est particulièrement utile avec les nouveaux résultats MyHeritage. Elle permet de distinguer deux situations très différentes : des résultats ayant simplement des niveaux de précision différents et des résultats appartenant réellement à deux branches incompatibles.

Quand faut-il passer à un véritable test Y-DNA ?

La nouvelle fonction de MyHeritage est donc intéressante pour obtenir une première information sur une lignée paternelle, mais elle montre rapidement ses limites lorsqu’une recherche nécessite une comparaison précise entre plusieurs hommes.

Dans ce cas, un véritable test spécialisé du chromosome Y devient beaucoup plus utile.

Le Y-37 de FamilyTreeDNA analyse 37 marqueurs STR. Son objectif principal n’est pas de fournir un haplogroupe SNP très détaillé, mais de comparer directement le chromosome Y du testé avec celui d’autres hommes présents dans la base Y-DNA. Il permet ainsi de rechercher de véritables correspondants sur la lignée paternelle.

Le Big Y-700 va beaucoup plus loin. Il analyse plus de 700 STR et plus de 600 000 SNP connus du chromosome Y. Il fournit un haplogroupe confirmé et beaucoup plus précis, susceptible de situer la branche paternelle dans une période beaucoup plus récente.

Cette différence entre haplogroupe prédit et haplogroupe confirmé est expliquée dans la documentation de FamilyTreeDNA consacrée aux haplogroupes Y-DNA prédits et confirmés.

Dans une recherche complexe portant sur un père ou un ancêtre paternel inconnu, le résultat MyHeritage peut donc servir de premier indice. Si plusieurs hommes apparaissent compatibles, un Y-37 ou, selon l’objectif de la recherche, un Big Y-700 permettra d’aller beaucoup plus loin.

 Et maintenant, l’haplogroupe mitochondrial ?

Avec cette nouvelle fonctionnalité, MyHeritage comble une partie de son retard sur ses concurrents. Parmi les quatre grandes bases de généalogie génétique, AncestryDNA reste désormais la seule à ne pas afficher d’haplogroupe du chromosome Y à partir de son test généraliste.

Mais il reste encore un manque chez MyHeritage : l’haplogroupe mitochondrial.

L’ADN mitochondrial se transmet par la mère à tous ses enfants, hommes comme femmes, mais seules les femmes le transmettent à la génération suivante. Il permet donc de suivre la lignée maternelle directe : votre mère, sa mère, la mère de celle-ci, etc., de la même manière que le chromosome Y permet de suivre la lignée paternelle directe chez les hommes.

Techniquement, il n’est pas indispensable de réaliser immédiatement un séquençage mitochondrial complet pour obtenir un premier haplogroupe. Un test principalement destiné à l’ADN autosomal peut également analyser certains SNP’s de l’ADN mitochondrial et les utiliser pour déterminer un haplogroupe maternel. C’est notamment ce que fait 23andMe avec son rapport d’haplogroupe maternel, proposé aussi bien aux femmes qu’aux hommes.

Il faut cependant distinguer cette estimation d’un véritable test mitochondrial. Plus le nombre de SNP’s analysés est limité, moins il est possible de descendre précisément dans l’arbre maternel. 23andMe précise lui-même que son résultat reste moins détaillé qu’un séquençage complet des 16 569 paires de bases du génome mitochondrial.

Après avoir ouvert l’accès à la lignée paternelle avec le chromosome Y, il serait donc logique que MyHeritage propose à son tour un haplogroupe mitochondrial. Ce serait notamment le pendant de cette nouvelle fonctionnalité pour les femmes, qui ne possèdent pas de chromosome Y, tout en bénéficiant également aux hommes puisque nous héritons tous de l’ADN mitochondrial de notre mère.

MyHeritage disposerait alors de deux indicateurs complémentaires : une lignée paternelle directe par le chromosome Y pour les hommes, et une lignée maternelle directe par l’ADN mitochondrial pour tous.